Khoa Khoa học Tự nhiên là một trong những khoa được thành lập sớm nhất của Trường Đại học Phú Yên, tiền thân là Khoa Tự nhiên của Trường CĐSP Phú Yên được thành lập từ năm 1989 (thời điểm tái lập tỉnh Phú Yên). Qua gần 30 năm hoạt động, Khoa Khoa học Tự nhiên đã đào tạo được hơn 2.200 sinh viên các ngành cao đẳng sư phạm: Toán, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Môi trường, Kỹ thuật công nghiệp, Kỹ thuật nông nghiệp. Sau 10 năm hoạt động dưới mái trường Đại học Phú Yên được nâng cấp, khoa đã đào tạo gần 200 cử nhân khoa học và sư phạm các ngành Toán, Hóa học, Sinh học. Các sinh viên sau khi ra trường đang giữ vai trò nòng cốt trong lực lượng giáo viên ở các trường trung học cơ sở ở tỉnh Phú Yên và bước đầu tham gia vào thị trường lao động kỹ thuật ở tỉnh Phú Yên và các tỉnh xung quanh. Nhiều sinh viên CĐSP tốt nghiệp từ khoa đã trở lại trường tiếp tục học tập ở trình độ đại học tại các khóa đào tạo liên thông và một số đã và đang tiếp tục học tập ở trình độ thạc sĩ. Từ 2007 đến nay Sinh viên của Khoa đã được tham gia các kỳ thi Olympic Toán học và Hóa học sinh viên toàn quốc nhằm có cơ hội phát huy năng lực học tập, giao lưu, tăng cường hiểu biết lẫn nhau với sinh viên các trường Đại học trên toàn quốc. Nhiều sinh viên đã đạt được giải cao trong các kỳ thi này đã và đang là nguồn động viên, khích lệ cho cán bộ - giảng viên và sinh viên khoa Khoa học tự nhiên.

Lãnh đạo Khoa gồm 01 Trưởng khoa, 02 Phó trưởng khoa; 04 tổ bộ môn: Tổ toán, tổ Lý, tổ Hóa, tổ Sinh – Môi trường; và tổng số cán bộ, viên chức toàn khoa có 30 người trong đó trình độ tiến sĩ: 05, nghiên cứu sinh: 03, thạc sĩ: 19, cử nhân: 03.

Danh sách cán bộ, giảng viên