Khoa có nhiệm vụ đào tạo và bồi dưỡng nhân lực có trình độ đại học, cao đẳng các ngành khoa học và sư phạm thuộc khối ngành khoa học tự nhiên, công nghệ như: Toán, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Môi trường, giảng dạy khối kiến thức khoa học tự nhiên và môi trường trong chương trình đào tạo các ngành hiện có của trường Đại học Phú Yên và thực hiện các nghiên cứu khoa học và công nghệ trên các lĩnh vực chuyên môn tương ứng phục vụ cho sự phát triển kinh tế, xã hội của tỉnh Phú Yên và các tỉnh Nam Trung Bộ - Tây Nguyên.